Χρήση δέντρων επιθεμάτων για την μελέτη γονιδιωματικών ακολουθιών

Abstract

Σκοπός της συγκεκριμένης διπλωματικής εργασίας είναι η δημιουργία ενός αλγορίθμου όπου με χρήση δένδρων επιθεμάτων θα γίνεται εύρεση επαναληπτικών ακολουθιών σε ένα αρχείο DNA. Σε πρώτη θεώρηση, επιδιώκεται να γίνει μια συστηματική παρουσίαση βιολογικών εννοιών που αφορούν την Βιοπληροφορική. Επιπλέον, παρουσιάζονται αναλυτικά οι διαφορετικές μέθοδοι της που έχουν χρησιμοποιηθεί έως τώρα, όσον αφορά την κατασκευή δένδρων επιθεμάτων, καθώς και οι απαιτήσεις συστήματος που χρειάζονται. Σε δεύτερη φάση, παρουσιάζεται η χρήση της εφαρμογής στις ακολουθίες του arabidopsis chrM και chrC, την ακολουθία Enterobacteria phage phiX174 genome. Human herpesvirus 4 type 2 genome, και UP_seq_antagom ir. Πιο συγκεκριμένα, το Κεφάλαιο 1 δίνει μια γενικότερη περιγραφή του υπό μελέτη προβλήματος που προσπαθήσαμε να αναλύσουμε. Περιλαμβάνει εισαγωγικές βιολογικές έννοιες και λειτουργίες απαραίτητες για την κατανόηση των προβλημάτων που ανακύπτουν. Το Κεφάλαιο 2 παρουσιάζονται οι βασικότερες τάσεις που υπάρχουν σήμερα στο χώρο της βιοπληροφορικής. Αυτές σε συνδυασμό με την ανάπτυξη των διαδικτυακών εργαλείων προσφέρονται για την δημιουργία νέων μορφών προγραμματισμού με απώτερο σκοπό την εξυπηρέτηση των ερευνητών στον τομέα της βιοπληροφορικής. Επίσης περιγράφεται το περιβάλλον εργασίας της Java και οι δυνατότητες που προσφέρει η χρήση της. Στο Κεφάλαιο 3 γίνεται μια αφορά στα δέντρα επιθεμάτων. Στην συνέχεια αναλύονται οι διάφοροι μέθοδοι και τα αποτελέσματά τους. Τέλος παρουσιάζονται τα λογικά διαγράμματα της υλοποιημένης εφαρμογής. Στο Κεφάλαιο 4 παρουσιάζεται η εκτέλεση της εφαρμογής για τις ακολουθίες του arabidopsis chrM και chrC, την ακολουθία Enterobacteria phage phiX174 genome. Human herpesvirus 4 type 2 genome. Παρατίθενται επίσης πειραματικά αποτελέσματα με τον απαραίτητο σχολιασμό και οι συγκρίσεις που προκύπτουν.