Μοριακή ανίχνευση νοροϊών σε κλινικά δείγματα κοπράνων

Abstract

Η οικογένεια Caliciviridae αποτελείχαι από μικρούς (27-40 nm), χωρίς κάλυμμα ,ιούς με εικοσαεδρική συμμετρία καψιδίου που διαθέτουν ένα γραμμικό, θετικής πολικότητας ,μονόκλωνο RNA γένωμα .Τα τέσσερα γένη της οικογένειας είναι οι : Norovirus, Sapovirus, Vesivirus και Lagovirus.Ta σημαντικότερα από ιατρικής άποψης παθογόνα στην οικογένεια είναι οι Noroviruses και Sapoviruses ,τα οποία προκαλούν την οξεία γαστρεντερίτιδα. Τα σημαντικότερα κτηνιατρικά παθογόνα περιλαμβάνουν τους Vesiviruses όπως είναι ο calicivirus των αιλουροειδών (Feline Calicivirus), που προκαλεί μια αναπνευστική ασθένεια στις γάτες, και τους lagoviruses που προκαλεί μια αιμορραγική ασθένεια στα κουνέλια . Οι Νοροϊοί είναι η κύρια αιτία της μη βακτηριακής επιδημικής γαστρεντερίτιδας ,μια ασθένεια που συνήθως εμφανίζεται σε μια οικογένεια ή ξεσπά στο εύρος μιας κοινότητας . Πρέπει να σημειωθεί ότι και οι Noroviruses και οι Sapoviruses έχουν συνδεθεί με την γαστρεντερίτιδα στα νήπια και στα μικρά παιδιά. Ο ιός Norwalk, αποτελεί πρότυπο στέλεχος των Νοροϊών , και οι Norwalklike viruses (που επίσης καλούνται round structured) εντοπίσθηκαν σε πόσιμο νερό , ανακυκλώσιμο νερό και θαλάσσια οστρακόδερμα . Διαφορετικές ομάδες RNA ιών συχνά προκαλούν γαστρεντερίτιδα με διάρροια ή/και εμετό, πυρετό και αναπνευστικά συμπτώματα που διαρκούν περίπου 2 ημέρες. Η παρούσα εργασία ασχολείται με την ανίχνευση των Νοροϊών ,σε κλινικά δείγματα (κόπρανα) ασθενών που παρουσίασαν τα προαναφερθέντα κλινικά συμπτώματα. Πιο συγκεκριμένα στοχεύει στην ανίχνευση Νοροϊών που ανήκουν στις γενετικές ομάδες GI και GII, μέσω των παρακάτω βημάτων: εκχύλιση του ιϊκού RNA, αντίστροφη μεταγραφή του ιϊκού RNA και μετατροπή σε cDNA, αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (PCR) με τη χρήση ειδικών εκκινητικών μορίων για την ενίσχυση της κάθε περιοχής και αλληλούχιση των προϊόντων της PCR. Στη συνέχεια ακολούθησε επεξεργασία των αλληλουχιών των δειγμάτων με ειδικά προγράμματα βιοπληροφορικής για τον εντοπισμό στελεχών Νοροϊών .