Μοριακή ταυτοποίηση στελεχών του είδους Echinococcus Granulosus σε μολυσμένα δείγματα, προερχόμενα από περιοχές της Ιταλίας, της Σλοβακίας, της Αργεντινής και της Πορτογαλίας

Abstract

Η εχινοκοκκίαση είναι μια παρασιτική λοίμωξη του ανθρώπου, διαδεδομένη παγκοσμίως, που προκαλείται από σκώληκες του γένους Echinococcus, που περιλαμβάνει τα είδη Ε. granulosus, Ε. multilocularis, Ε. oligarthrus και Ε. vogeli. Ο άνθρωπος μπορεί να μολυνθεί αν καταπιεί κατά λάθος τα αυγά του παρασίτου, που διασκορπίζονται στο περιβάλλον με τα κόπρανα του σκύλου, που είναι ο πιο κοινός κύριος ξενιστής. Οι ενδιάμεσοι ξενιστές είναι κυρίως πρόβατα, βοοειδή και χοίροι. Η διάγνωση της νόσου είναι δύσκολη γιατί είναι συνήθως ασυμπτωματική και ανακαλύπτεται τυχαία. Η θεραπεία είναι στις περισσότερες των περιπτώσεων η χειρουργική αντιμετώπιση. Η παρούσα εργασία αφορά το είδος Echinococcus granulosus, που περιλαμβάνει ένα μεγάλο αριθμό γενετικά διακριτών στελεχών, που διαφέρουν ως προς τον ενδιάμεσο ξενιστή, τη γεωγραφική κατανομή και τη μολυσματικότητα για τον άνθρωπο. Ο ακριβής προσδιορισμός των στελεχών είναι απαραίτητος την καλύτερη κατανόηση της επιδημιολογίας της νόσου και για το σχεδίασμά αποτελεσματικών προγραμμάτων ελέγχου. Για το λόγο αυτό συλλέχθηκαν και μελετήθηκαν μολυσμένα δείγματα από διάφορες περιοχές της Ιταλίας, της Σλοβακίας, της Πορτογαλίας και της Αργεντινής. Ο βαθμός της γενετικής ποικιλομορφίας εκτιμήθηκε με τη βοήθεια της ανάλυσης των γονιδίων C01 και ND1, που έχει αποδειχθεί ότι εμφανίζουν μεγάλη ποικιλομορφία και δίνουν σημαντικές πληροφορίες σε φυλογενετικές μελέτες. Οι μέθοδοι που χρησιμοποιήθηκαν ήταν απομόνωση DNA, ενίσχυση μέσω PCR, ηλεκτροφόρηση και αλληλούχιση των νουκλεοτιδικών αλληλουχιών και καθορίστηκαν τέσσερα διαφορετικά στελέχη του είδους Ε. granulosus: G1, G2, G3 και G7. Στη συνέχεια, κατασκευάστηκαν φυλογενετικά δέντρα, υπολογίστηκαν οι γενετικές αποστάσεις μέσα σε κάθε στέλεχος, αλλά και μεταξύ των στελεχών και η γενετική ροή. Όπως ήταν αναμενόμενο, το στέλεχος G1 ήταν το πιο κοινό, βρέθηκαν όμως και αρκετές περιπτώσεις G3, σε περιοχές που θεωρητικά δεν υπήρχε. Επίσης βρέθηκε ότι τα στελέχη G1 και G3 δε διαφέρουν σαφώς όπως συμβαίνει μεταξύ αυτών και του G7. Το στέλεχος G7 παρουσιάζει τιμές γενετικής διαφοροποίησης πιο ψηλές σε σύγκριση με τα άλλα στελέχη που μελετήθηκαν στην εργασία αυτή, πιστοποιώντας έτσι τη διαφορετικότητά του.