Data and programs in support of network analysis of genes and their association with diseases
Data
2016Language
en
Soggetto
Abstract
The network-based approaches that were employed in order to depict the relationships between human genetic diseases and their associated genes are described. Towards this direction, monopartite disease-disease and gene-gene networks were constructed from bipartite gene-disease association networks. The latter were created by collecting and integrating data from three diverse resources, each one with different content, covering from rare monogenic disorders to common complex diseases. Moreover, topological and clustering graph analyses were performed. The methodology and the programs presented in this article are related to the research article entitled “Network analysis of genes and their association with diseases” [1]. © 2016 The Authors
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Bhatt S., Biadgilign S., Bienhof K., Bikbov B., Bisanzio D., Bourne R.R.A., Breitborde N.J.K., Bulto L.N.B., Bumgarner B.R., Butt Z.A., Cárdenas R., Cahuana-Hurtado L., Cameron E., Campuzano J.C., Car J., Carrero J.J., Carter A., Casey D.C., Castañeda-Orjuela C.A., Catalá-López F., Charlson F.J., Chibueze C.E., Chimed-Ochir O., Chisumpa V.H., Chitheer A.A., Christopher D.J., Ciobanu L.G., Cirillo M., Cohen A.J., Colombara D., Cooper C., Cowie B.C., Criqui M.H., Dandona L., Dandona R., Dargan P.I., Das Neves J., Davitoiu D.V., Davletov K., De Courten B., Degenhardt L., Deiparine S., Deribe K., Deribew A., Dey S., Dicker D., Ding E.L., Djalalinia S., Do H.P., Doku D.T., Douwes-Schultz D., Driscoll T.R., Dubey M., Duncan B.B., Echko M., El-Khatib Z.Z., Ellingsen C.L., Enayati A., Erskine H.E., Eskandarieh S., Esteghamati A., Ermakov S.P., Estep K., Sa Farinha C.S., Faro A., Farzadfar F., Feigin V.L., Fereshtehnejad S.-M., Fernandes J.C., Ferrari A.J., Feyissa T.R., Filip I., Finegold S., Fischer F., Fitzmaurice C., Flaxman A.D., Foigt N., Frank T., Fraser M., Fullman N., Fürst T., Furtado J.M., Gakidou E., Garcia-Basteiro A.L., Gebre T., Gebregergs G.B., Gebrehiwot T.T., Gebremichael D.Y., Geleijnse J.M., Genova-Maleras R., Gesesew H.A., Gething P.W., Gillum R.F., Ginawi I.A.M., Giref A.Z., Giroud M., Giussani G., Godwin W.W., Gold A.L., Goldberg E.M., Gona P.N., Gopalani S.V., Gouda H.N., Goulart A.C., Griswold M., Gupta P.C., Gupta R., Gupta T., Gupta V., Haagsma J.A., Hafezi-Nejad N., Hailu A.D., Hailu G.B., Hamadeh R.R., Hambisa M.T., Hamidi S., Hammami M., Hancock J., Handal A.J., Hankey G.J., Hao Y., Harb H.L., Hareri H.A., Hassanvand M.S., Havmoeller R., Hay S.I., He F., Hedayati M.T., Henry N.J., Heredia-Pi I.B., Herteliu C., Hoek H.W., Horino M., Horita N., Hosgood H.D., Hostiuc S., Hotez P.J., Hoy D.G., Huynh C., Iburg K.M., Ikeda C., Ileanu B.V., Irenso A.A., Irvine C.M.S., Jürisson M., Jacobsen K.H., Jahanmehr N., Jakovljevic M.B., Javanbakht M., Jayaraman S.P., Jeemon P., Jha V., John D., Johnson C.O., Johnson S.C., Jonas J.B., Kabir Z., Kadel R., Kahsay A., Kamal R., Karch A., Karimi S.M., Karimkhani C., Kasaeian A., Kassaw N.A., Kassebaum N.J., Katikireddi S.V., Kawakami N., Keiyoro P.N., Kemmer L., Kesavachandran C.N., Khader Y.S., Khan E.A., Khang Y.-H., Khoja A.T.A., Khosravi A., Khosravi M.H., Khubchandani J., Kieling C., Kievlan D., Kim D., Kim Y.J., Kimokoti R.W., Kinfu Y., Kissoon N., Kivimaki M., Knudsen A.K., Kopec J.A., Kosen S., Koul P.A., Koyanagi A., Defo B.K., Kulikof X.R., Kumar G.A., Kumar P., Kutz M., Kyu H.H., Lal D.K., Lalloo R., Lambert T.L.N., Lan Q., Lansingh V.C., Larsson A., Lee P.H., Leigh J., Leung J., Levi M., Li Y., Kappe D.L., Liang X., Liben M.L., Lim S.S., Liu A., Liu P.Y., Liu Y., Lodha R., Logroscino G., Lorkowski S., Lotufo P.A., Lozano R., Lucas T.C.D., Ma S., Macarayan E.R.K., Maddison E.R., Abd El Razek M.M., Majdan M., Majdzadeh R., Majeed A., Malekzadeh R., Malhotra R., Malta D.C., Manguerra H., Manyazewal T., Mapoma C.C., Marczak L.B., Markos D., Martinez-Raga J., Martins-Melo F.R., Martopullo I., McAlinden C., McGaughey M., McGrath J.J., Mehata S., Meier T., Meles K.G., Memiah P., Memish Z.A., Mengesha M.M., Mengistu D.T., Menota B.G., Mensah G.A., Meretoja A., Meretoja T.J., Millear A., Miller T.R., Minnig S., Mirarefn M., Mirrakhimov E.M., Misganaw A., Mishra S.R., Mohammad K.A., Mohammadi A., Mohammed S., Mokdad A.H., Mola G.L.D., Mollenkopf S.K., Molokhia M., Monasta L., Hernandez J.C.M., Montico M., Mooney M.D., Moradi-Lakeh M., Moraga P., Morawska L., Morrison S.D., Morozof C., Mountjoy-Venning C., Mruts K.B., Muller K., Murthy G.V.S., Musa K.I., Nachega J.B., Naheed A., Naldi L., Nangia V., Nascimento B.R., Nasher J.T., Natarajan G., Negoi I., Ngunjiri J.W., Nguyen C.T., Nguyen G., Nguyen M., Nguyen Q.L., Nguyen T.H., Nichols E., Ningrum D.N.A., Nong V.M., Noubiap J.J.N., Ogbo F.A., Oh I.-H., Okoro A., Olagunju A.T., Olsen H.E., Olusanya B.O., Olusanya J.O., Ong K., Opio J.N., Oren E., Ortiz A., Osman M., Ota E., Mahesh P.A., Pacella R.E., Pakhale S., Pana A., Panda B.K., Jonas S., Papachristou C., Park E.-K., Patten S.B., Patton G.C., Paudel D., Paulson K., Pereira D.M., Perez-Ruiz F., Perico N., Pervaiz A., Petzold M., Phillips M.R., Pigott D.M., Pinho C., Plass D., Pletcher M.A., Polinder S., Postma M.J., Pourmalek F., Purcell C., Qorbani M., Radfar A., Rafay A., Rahimi-Movaghar V., Rahman M., Ur Rahman M.H., Rai R.K., Ranabhat C.L., Rankin Z., Rao P.C., Rath G.K., Rawaf S., Ray S.E., Rehm J., Reiner R.C., Reitsma M.B., Remuzzi G., Rezaei S., Rezai M.S., Rokni M.B., Ronfani L., Roshandel G., Roth G.A., Rothenbacher D., Ruhago G.M., Rizwan S.A., Saadat S., Sachdev P.S., Sadat N., Safdarian M., Saf S., Safiri S., Sagar R., Sahathevan R., Salama J., Salamati P., Salomon J.A., Samy A.M., Sanabria J.R., Sanchez-Niño M.D., Santomauro D., Santos I.S., Milicevic M.M.S., Sartorius B., Satpathy M., Shahraz S., Schmidt M.I., Schneider I.J.C., Schulhofer-Wohl S., Schutte A.E., Schwebel D.C., Schwendicke F., Sepanlou S.G., Servan-Mori E.E., Shackelford K.A., Shaikh M.A., Shamsipour M., Shamsizadeh M., Islam S.M.S., Sharma J., Sharma R., She J., Sheikhbahaei S., Shey M., Shi P., Shields C., Shigematsu M., Shiri R., Shirude S., Shiue I., Shoman H., Shrime M.G., Sigfusdottir I.D., Silpakit N., Silva J.P., Singh A., Singh J.A., Skiadaresi E., Sligar A., Smith A., Smith D.L., Smith M., Sobaih B.H.A., Soneji S., Sorensen R.J.D., Soriano J.B., Sreeramareddy C.T., Srinivasan V., Stanaway J.D., Stathopoulou V., Steel N., Stein D.J., Steiner C., Steinke S., Stokes M.A., Strong M., Strub B., Subart M., Sufyan M.B., Sunguya B.F., Sur P.J., Swaminathan S., Sykes B.L., Tabarés-Seisdedos R., Tadakamadla S.K., Takahashi K., Takala J.S., Talongwa R.T., Tarawneh M.R., Tavakkoli M., Taveira N., Tegegne T.K., Tehrani-Banihashemi A., Temsah M.-H., Terkawi A.S., Thakur J.S., Thamsuwan O., Thankappan K.R., Thomas K.E., Thompson A.H., Thomson A.J., Thrift A.G., Tobe-Gai R., Topor-Madry R., Torre A., Tortajada M., Towbin J.A., Tran B.X., Troeger C., Truelsen T., Tsoi D., Tuzcu E.M., Tyrovolas S., Ukwaja K.N., Undurraga E.A., Updike R., Uthman O.A., Uzochukwu B.S.C., Van Boven J.F.M., Vasankari T., Venketasubramanian N., Violante F.S., Vlassov V.V., Vollset S.E., Vos T., Wakayo T., Wallin M.T., Wang Y.-P., Weiderpass E., Weintraub R.G., Weiss D.J., Werdecker A., Westerman R., Whetter B., Whiteford H.A., Wijeratne T., Wiysonge C.S., Woldeyes B.G., Wolfe C.D.A., Woodbrook R., Workicho A., Xavier D., Xiao Q., Xu G., Yaghoubi M., Yakob B., Yano Y., Yaseri M., Yimam H.H., Yonemoto N., Yoon S.-J., Yotebieng M., Younis M.Z., Zaidi Z., El Sayed Zaki M., Zegeye E.A., Zenebe Z.M., Zerfu T.A., Zhang A.L., Zhang X., Zipkin B., Zodpey S., Lopez A.D., Murray C.J.L., GBD 2016 Causes of Death Collaborators (2017)Background: Monitoring levels and trends in premature mortality is crucial to understanding how societies can address prominent sources 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Bärnighausen T., Bacha U., Badawi A., Banerjee A., Barac A., Barboza M.A., Barker-Collo S.L., Barrero L.H., Basu S., Baune B.T., Baye K., Bayou Y.T., Bazargan-Hejazi S., Bedi N., Beghi E., Béjot Y., Bello A.K., Bennett D.A., Bensenor I.M., Berhane A., Bernabé E., Bernal O.A., Beyene A.S., Beyene T.J., Bhutta Z.A., Biadgilign S., Bikbov B., Birlik S.M., Birungi C., Biryukov S., Bisanzio D., Bizuayehu H.M., Bose D., Brainin M., Brauer M., Brazinova A., Breitborde N.J.K., Brenner H., Butt Z.A., Cárdenas R., Cahuana-Hurtado L., Campos-Nonato I.R., Car J., Carrero J.J., Casey D., Caso V., Castañeda-Orjuela C.A., Castillo Rivas J., Catalá-López F., Cecilio P., Cercy K., Charlson F.J., Chen A.Z., Chew A., Chibalabala M., Chibueze C.E., Chisumpa V.H., Chitheer A.A., Chowdhury R., Christensen H., Christopher D.J., Ciobanu L.G., Cirillo M., Coggeshall M.S., Cooper L.T., Cortinovis M., Crump J.A., Dalal K., Danawi H., Dandona L., Dandona R., Dargan P.I., Das Neves J., Davey G., Davitoiu D.V., Davletov K., De Leo D., Del Gobbo L.C., Del Pozo-Cruz B., Dellavalle R.P., Deribe K., Deribew A., Des Jarlais D.C., Dey S., Dharmaratne S.D., Dicker D., Ding E.L., Dokova K., Dorsey E.R., Doyle K.E., Dubey M., Ehrenkranz R., Ellingsen C.L., Elyazar I., Enayati A., Ermakov S.P., Eshrati B., Esteghamati A., Estep K., Fürst T., Faghmous I.D.A., Fanuel F.B.B., Faraon E.J.A., Farid T.A., Farinha C.S.E.S., Faro A., Farvid M.S., Farzadfar F., Feigin V.L., Feigl A.B., Fereshtehnejad S.-M., Fernandes J.G., Fernandes J.C., Feyissa T.R., Fischer F., Fitzmaurice C., Fleming T.D., Foigt N., Foreman K.J., Forouzanfar M.H., Franklin R.C., Frostad J., Ghiwot T.T., Gakidou E., Gambashidze K., Gamkrelidze A., Gao W., Garcia-Basteiro A.L., Gebre T., Gebremedhin A.T., Gebremichael M.W., Gebru A.A., Gelaye A.A., Geleijnse J.M., Genova-Maleras R., Gibney K.B., Giref A.Z., Gishu M.D., Giussani G., Godwin W.W., Gold A., Goldberg E.M., Gona P.N., Goodridge A., Gopalani S.V., Goto A., Graetz N., Greaves F., Griswold M., Guban P.I., Gugnani H.C., Gupta P.C., Gupta R., Gupta R., Gupta T., Gupta V., Habtewold T.D., Hafezi-Nejad N., Haile D., Hailu A.D., Hailu G.B., Hakuzimana A., Hamadeh R.R., Hambisa M.T., Hamidi S., Hammami M., Hankey G.J., Hao Y., Harb H.L., Hareri H.A., Haro J.M., Hassanvand M.S., Havmoeller R., Hay R.J., Hay S.I., Hendrie D., Heredia-Pi I.B., Hoek H.W., Horino M., Horita N., Hosgood H.D., Htet A.S., Hu G., Huang H., Huang J.J., Huntley B.M., Huynh C., Iburg K.M., Ileanu B.V., Innos K., Irenso A.A., Jahanmehr N., Jakovljevic M.B., James P., James S.L., Javanbakht M., Jayaraman S.P., Jayatilleke A.U., Jeemon P., Jha V., John D., Johnson C., Johnson S.C., Jonas J.B., Juel K., Kabir Z., Kalkonde Y., Kamal R., Kan H., Karch A., Karema C.K., Karimi S.M., Kasaeian A., Kassebaum N.J., Kastor A., Katikireddi S.V., Kazanjan K., Keiyoro P.N., Kemmer L., Kemp A.H., Kengne A.P., Kerbo A.A., Kereselidze M., Kesavachandran C.N., Khader Y.S., Khalil I., Khan A.R., Khan E.A., Khan G., Khang Y.-H., Khoja A.T.A., Khonelidze I., Khubchandani J., Kibret G.D., Kim D., Kim P., Kim Y.J., Kimokoti R.W., Kinfu Y., Kissoon N., Kivipelto M., Kokubo Y., Kolk A., Kolte D., Kopec J.A., Kosen S., Koul P.A., Koyanagi A., Kravchenko M., Krishnaswami S., Krohn K.J., Kuate Defo B., Kucuk Bicer B., Kuipers E.J., Kulkarni V.S., Kumar G.A., Kumsa F.A., Kutz M., Kyu H.H., Lager A.C.J., Lal A., Lal D.K., Lalloo R., Lallukka T., Lan Q., Langan S.M., Lansingh V.C., Larson H.J., Larsson A., Laryea D.O., Latif A.A., Lawrynowicz A.E.B., Leasher J.L., Leigh J., Leinsalu M., Leshargie C.T., Leung J., Leung R., Levi M., Liang X., Lim S.S., Lind M., Linn S., Lipshultz S.E., Liu P., Liu Y., Lo L.-T., Logroscino G., Lopez A.D., Lorch S.A., Lotufo P.A., Lozano R., Lunevicius R., Lyons R.A., Macarayan E.R.K., Mackay M.T., Magdy Abd El Razek H., Magdy Abd El Razek M., Mahdavi M., Majeed A., Malekzadeh R., Malta D.C., Mantovani L.G., Manyazewal T., Mapoma C.C., Marcenes W., Marks G.B., Marquez N., 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Milicevic M.M., Sarmiento-Suarez R., Sartorius B., Satpathy M., Savic M., Sawhney M., Saylan M.I., Schöttker B., Schutte A.E., Schwebel D.C., Seedat S., Seid A.M., Seifu C.N., Sepanlou S.G., Serdar B., Servan-Mori E.E., Setegn T., Shackelford K.A., Shaheen A., Shahraz S., Shaikh M.A., Shakh-Nazarova M., Shamsipour M., Shariful Islam S.M., Sharma J., Sharma R., She J., Sheikhbahaei S., Shen J., Shi P., Shigematsu M., Shin M.-J., Shiri R., Shoman H., Shrime M.G., Sibamo E.L.S., Sigfusdottir I.D., Silva D.A.S., Silveira D.G.A., Sindi S., Singh A., Singh J.A., Singh O.P., Singh P.K., Singh V., Sinke A.H., Sinshaw A.E., Skirbekk V., Sliwa K., Smith A., Sobngwi E., Soneji S., Soriano J.B., Sousa T.C.M., Sposato L.A., Sreeramareddy C.T., Stathopoulou V., Steel N., Steiner C., Steinke S., Stokes M.A., Stranges S., Strong M., Stroumpoulis K., Sturua L., Sufiyan M.B., Suliankatchi R.A., Sun J., Sur P., Swaminathan S., Sykes B.L., Tabarés-Seisdedos R., Tabb K.M., Taffere G.R., Talongwa R.T., 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