Εφαρμογή μοριακών μεθόδων στην ταυτοποίηση των μυκοβακτηριδίων που απομονώθηκαν από ασθενείς με πιθανή φυματιώση στην Ελλάδα

Abstract

Τα τελευταία χρόνια παρατηρείται μια παγκόσμια αναζωπύρωση της φυματίωσης γεγονός που οδήγησε στην αύξηση της διεθνούς ενδιαφέροντος έρευνας με σκοπό τον περιορισμό της μετάδοσης των μυκοβακτηριδιακών λοιμώξεων. Ώθηση στην έρευνα αυτή δίνει η εισαγωγή στην κλινική διάγνωση γρήγορων και ευαίσθητων μοριακών μεθόδων. Στην παρούσα μελέτη εφαρμόστηκαν μοριακές μέθοδοι με σκοπό τη διάγνωση της φυματίωσης τόσο στην ταυτοποίηση του μικροοργανισμού σε επίπεδο γένους και είδους όσο στην ανίχνευση γονιδίων αντοχής σε διάφορα αντιφυματικά φάρμακα σε κλινικά δείγματα ασθενών με υποψία φυματίωσης στην περιοχή της Θεσσαλίας την περίοδο 2008-2009. Οι μοριακοί μέθοδοι αυτοί ήταν συνδυασμός αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης και υβριδισμού. Ο συνδιασμός PCR και υβριδισμού επιλέχτηκε διότι με τη τεχνική της αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης έχουμε μγαλύτερη ευαισθησία ενώ με τον υβριδισμό μεγαλύτερη ειδικότητα. Η πρώτη μοριακή μέθοδος ήταν η μέθοδος CM με την οποία ταυτοποιήθηκαν 97 στελέχη M.tuberculosis complex. Τα υπόλοιπα 24 στελέχη ταυτοποιήθηκαν στα επόμενα άτυπα μυκοβακτήρια M.fortuitum, M.gordonae, M.intracellulare και Μ.avium. Η δεύτερη ήταν η μέθοδος MTBC με την οποία διαχωρίζονται τα M.tuberculosis comlpex στα διάφορα είδη M.africanum, M.bovis BCG, M.bovis ssp. bovis, M.bovis ssp. caprae, M.microti και M.tubersulosis/M. canettii. Στην παρούσα μελέτη βρέθηκε το είδος Μ.tuberculosis/M.canettii σε ποσοστό 98,97% και το είδος M.bovis BCG σε ποσοστό 1,03%. Η τρίτη ήταν η μέθοδος MTBDRplus με την οποία ανιχνεύτηκαν γονίδια αντοχής στη ριφαμπικίνη και στην ισονιαζίδη των στελεχών M.tuberculosis complex. Το γονίδιο που σχετίζεται με την έκφραση αντοχήςστην ριφαμπικίνη βρέθηκε σε ποσοστό 3,09%, το γονίδιο που σχετίζεται με αντοχή σε υψηλή συγκέντρωση ισονιαζίδης 3,09% και το γονίδιο που σχετίζεται με αντοχή σε χαμηλή συγκέντρωση ισονιαζίδης 1.03%. Η ευαισθησία της μοριακής μεθόδου για την ριφαμπικίνη ήταν 100% ενώ για την ισονιαζίδη ήταν 57,1%. Η ειδικότητα της μοριακής μεθόδου και για τα δυο αντιφυματικά φάρμακα ήταν 100%. Συμπερασματικά, λοιπόν στην περιοχή της Θεσσαλίας τα ποσοστά αντοχής για τη ριφαμπικίνη και την ισονιαζίδη είναι χαμηλά.