Ανάπτυξη της μεθόδου διαχωρισμού δυο φάσεων για την ανίχνευση εντεροϊών με SEMI-NESTED PCR σε περιβαλλοντικά δείγματα

Abstract

Οι εντεροϊοί είναι το σημαντικότερο γένος της οικογένειας των Picorna ιών και οι 65 ορότυποι τους ταξινομούνται σε πέντε υποομάδες. Οι εντεροϊοί φέρουν καψίδιο το οποίο δεν περιβάλλεται από λιπιδικό έλυτρο και εμπεριέχει ένα μόριο RNA θετικής πολικότητας. Το γένωμά τους περιλαμβάνει τρεις κύριες περιοχές: την 5'μη κωδική περιοχή (5'-UTR), το ανοιχτό πλαίσιο ανάγνωσης (ORF) και την 3'μη κωδική περιοχή (3'-UTR). Η κωδική περιοχή του RNA (ORF) μεταφράζεται σε μια πολυπρωτετνη, η οποία περιέχει πληροφορίες για τις τέσσερις δομικές (VR1-VR4) και τις εφτά λειτουργικές (2A-2C και 3A-3D) πρωτεΐνες του ιού. Οι εντεροϊοί έχουν ιδιαίτερη σημασία για τη δημόσια υγεία, δεδομένου ότι σχετίζονται με επιδημίες γαστρεντερίτιδας από την κατανάλωση μολυσμένου νερού. Οι ιοί αυτοί μπορούν να απομονωθούν σε μεγάλες ποσότητες από κόπρανα ανθρώπινης προέλευσης, καθώς και από λύματα και μολυσμένα νερά. Η μη κατάλληλη επεξεργασία λυμάτων έχει ως αποτέλεσμα τη μόλυνση του υδάτινου περιβάλλοντος με επιπτώσεις στη δημόσια υγεία. Οι παράγοντες που επηρεάζουν την επιβίωση των εντερικών ιών στο υδάτινο περιβάλλον είναι η θερμοκρασία, το pH, το φως, η ακτινοβολία και η προσρόφηση τους στις επιφάνειες. Σκοπός της παρούσας μελέτης ήταν η ανίχνευση εντεροϊών από ακατέργαστα λύματα τα οποία ελήφθησαν κατά την είσοδό τους σε σταθμούς βιολογικού καθαρισμού (Λάρισα, Τρίκαλα, Ιωάννινα). Συνολικά συλλέχθηκαν 24 δείγματα ακατέργαστων λυμάτων κατά την περίοδο Ιούλιος 2005-Αύγουστος 2007. Η μεθοδολογία αφορούσε στη συγκέντρωση των δειγμάτων, πριν την ανίχνευση των ιών, με την μέθοδο των δύο φάσεων ακολουθούμενη από RT-semi nested PCR, προκειμένου να επιτευχθεί αύξηση της ευαισθησίας ανίχνευσης των ιών. Το αποτέλεσμα της μελέτης ήταν η ανίχνευση 5 θετικών δειγμάτων εντεροϊού από τα 24 συνολικά δείγματα που μελετήθηκαν.