Φυλογενετική ανάλυση των Ε6 και Ε7 γενωμικών περιοχών των ιών HPV 16

Abstract

Οι ιοί των ανθρώπινων θηλωμάτων (papillomaviruses) ανήκουν στην οικογένεια των papillomaviridae και έχουν μέγεθος περίπου 7900 bp. Το πρώτο ζώο με PV ανακαλύφτηκε το 1930 από τον Richard Shope σε άγριο κουνέλι. Είναι δίκλωνοι κυκλικοί DNA ιοί χωρίς εξωτερικό περίβλημα και προσβάλλουν το επιθήλιο του δέρματος και του βλενογόνου στον άνθρωπο, σε άλλα θηλαστικά και πτηνά. Έτσι μπορούν να προκαλέσουν αλλοιώσεις που εν δυνάμει εξελίσσονται σε κακοήθειες. Υπάρχουν περίπου 200 τύποι HPV από τους οποίους οι 40 προσβάλουν τη γεννητική οδό. Ένας σημαντικός αριθμός HPV στελεχών που προσβάλει το επιθήλιο του βλεννογόνου βρίσκονται συχνά σε περιπτώσεις καρκίνου του τραχήλου της μήτρας και είναι γνωστοί ως HPV υψηλής επικινδυνότητας (high risk), ενώ στελέχη τα οποία προκαλούν απλά θηλώματα είναι γνωστά ως χαμηλής επικινδυνότητας (low risk). Καρκίνος από HPV είναι δυνατόν να παρουσιαστεί και σε άλλα μέρη του σώματος όπως τη στοματοφαρυγγική οδό, το λαιμό και τον πρωκτό. Ο πιο συχνά εμφανιζόμενος τύπος HPV που ευθύνεται για πάνω από το 50% των περιπτώσεων καρκίνου του τραχήλου της μήτρας είναι ο HPV16. Η παρούσα εργασία έχει ως σκοπό την μελέτη των ογκογονιδίων Ε6 και Ε7 των στελεχών HPV-16 για την ανίχνευση μεταλλάξεων από κλινικά δείγματα τραχηλικού επιχρίσματος Low και High grade. Για το λόγο αυτό σχεδιάστηκαν εκκινητικά μόρια για την ενίσχυση των γενετικών τόπων Ε6 και Ε7 ενώ τα προϊόντα ενίσχυσης κλωνοποιήθηκαν για τον διαχωρισμό των HPV-16 variants. Στην συνέχεια ακολούθησε αλληλούχηση των κλώνων και με την βοήθεια προγραμμάτων βιοπληροφορικής εξετάστηκαν οι περιοχές Ε6, Ε7 για την ύπαρξη μεταλλάξεων κρίσιμες για την ανάπτυξη αλλοιώσεων. Οι μεταλλάξεις που παρατηρήθηκαν συσχετίστηκαν με τον βαθμό της αλλοίωσης (High και Low grade) των κλινικών δειγμάτων. Τέλος κατασκευάστηκαν φυλογενετικά δέντρα βάσει των νουκλεοτιδικών αλληλουχιών Ε6, Ε7 και ταυτοποιήθηκαν τα HPV-16 variants σε κάθε δείγμα που εξετάστηκε.