Μοριακή και φυλογενετική ανάλυση νοροϊών

Abstract

Οι νοροϊοί αποτελούν το ένα από τα τέσσερα γένη της οικογένειας Caliciviridae. Τα ιικά σωματίδια δεν περιβάλλονται από φάκελο ενώ εμφανίζουν Τ=3 εικοσαεδρική συμμετρία, με μέγεθος περίπου ίσο με 38nm. Το γονιδίωμα των νοροϊών αποτελείται από ένα γραμμικό, μονόκλωνο, θετικής πολικότητας RNA γένωμα μήκους περίπου 7.700 βάσεων. Στο 5'άκρο του γενώματος βρίσκεται συνδεδεμένη μια πρωτεΐνη (VPg) ενώ το 3'άκρο του περιλαμβάνει ουρά πολυαδενίνης (polyA). Επίσης, το ιικό γονιδίωμα οργανώνεται σε τρία ανοικτά πλαίσια ανάγνωσης (ORFs). To ORF1 κωδικοποιεί για μια πολυπρωτεΐνη η οποία ύστερα από ειδική ενζυμική πέψη, παράγει τις ώριμες μη δομικές πρωτεΐνες του ιού. Τα υπόλοιπα ανοικτά πλαίσια ανάγνωσης (ORF2 και ORF3) κωδικοποιούν για τις δομικές πρωτεΐνες του ιού, εκ των οποίων η VP1 είναι υπεύθυνη για τις αντιγονικές ιδιότητες του ιού. Το γένος των Νοροϊών περιλαμβάνει σημαντικά ιατρικά παθογόνα, καθώς αποτελούν την κύρια αιτία της μη βακτηριακής οξείας επιδημικής γαστρεντερίτιδας που εμφανίζεται σε οικογενειακά κρούσματα ή σε επίπεδο κοινότητας. Οι νοροϊοί δεν προκαλούν πάντα μόνιμη ανοσοποίηση και σε συνδυασμό με την σημαντική ετερογένεια και ευμεταβλητότητά τους, αποτελούν σημαντικό επιδημιολογικό κίνδυνο σε παγκόσμιο επίπεδο. Εξαιρετικής σημασίας σε αυτό το φαινόμενο, επίσης, είναι η δυνατότητα των ιών αυτών να μεταδίδονται εύκολα τόσο από ένα μολυσμένο άτομο σε άλλα (κοπρανο - στοματική οδός, εισπνοή αερολυμάτων από τον εκρηκτικό έμετο), όσο και από άλλες πηγές μόλυνσης, όπως μολυσμένα τρόφιμα και πόσιμο νερό. Επομένως, η ανίχνευση των ιών αυτών και η ανάλυση των γενετικών χαρακτηριστικών τους, για παράδειγμα η δυνατότητα ανασυνδυασμού, είναι σημαντικές για την διάγνωση και την πρόληψη της νόσου. Στην παρούσα εργασία, 8 κλινικά δείγματα κοπράνων εξετάστηκαν με RT - PCR για παρουσία νοροϊών και τα ενισχυμένα γενωμικά τμήματα κλωνοποιήθηκαν για τον εντοπισμό διακριτών στελεχών. Ακολούθησε αλληλούχιση της γενωμικής περιοχής, η οποία είχε αρχικά ενισχυθεί μέσω της RT - PCR μεθόδου, των 9 κλινικών στελεχών που προέκυψαν καθώς επίσης η εντόπιση μεταλλάξεων στις περιοχές αυτές και τέλος η φυλογενετική ανάλυση των κλινικών στελεχών.