Ανίχνευση ανασυνδυασμών και μεταλλάξεων σε ολόκληρο το γένωμα ενός πολιοϊού

Abstract

Στην παρούσα εργασία μελετήθηκαν 2 δείγματα, εκ των οποίων το ένα απομονώθηκε από λύματα της Κύπρου (ΕΝΡ7) και το άλλο απομονώθηκε από μία κλινική περίπτωση εμβολιοσυνδεόμενης παραλυτικής πολιομυελίτιδας (VAPP) (ΜΒ1). Σκοπός της εργασίας ήταν η ανίχνευση ανασυνδυασμών και μεταλλάξεων στα ιϊκά στελέχη, καθώς και η σημασία τους στην αρμοστικότητα του ιού. Κατόπιν ανάλυσης RT-PCR, RFLP (στις κώδικές περιοχές 2C και 3D) και αλληλούχισης (όλου του γονιδιώματος του ιί'κού στελέχους ΜΒ1), ανιχνεύθηκε ανασυνδυασμός στο ιι'κό στέλεχος του ΜΒ1 δείγματος στην περιοχή 2C, τύπου S3/S1. Με τη βοήθεια του προγράμματος βιοπληροφορικής Clustalw, εντοπίστηκε η ακριβής θέση του ανασυνδυασμού (Recombination junction) και στη συνέχεια με την χρήση του προγράμματος ανάλυσης Simplot, έγινε η γραφική αναπαράσταση αυτού. Συγχρόνως με τον ανασυνδυασμό, ανιχνεύθηκαν και 17 μεταλλάξεις στο ιϊκά στέλεχος του δείγματος ΜΒ1, στις περιοχές 5’NTR, VP3, VP1, 2Α, 3Α, 3C και 3D του ιϊκού γενώματος. Από αυτές οι 9 ήταν συνώνυμες (η νουκλεοτιδική αντικατάσταση δεν οδηγούσε σε αλλαγή αμινοξέος), και οι 8 ήταν μη συνώνυμες (η αλλαγή νουκλεοτιδίου οδηγούσε σε αλλαγή αμινοξέος). Για τις μεταλλάξεις που εντοπίστηκαν στις περιοχές VP1 και VP3, απεικονίστηκαν οι ακριβείς τους θέσεις πάνω στο καψίδιο με την χρήση του προγράμματος Rasmol V.2.7.1.1. Τέλος, υπολογίστηκε το ποσοστό απόκλισης της VP1 αλληλουχίας του ΜΒ1, από την πρότυπη αλληλουχία της VP1 του Sabin 3. Βρέθηκε ότι είναι 0.77% και γι’ αυτό χαρακτηρίστηκε ως Sabin-like.