Εγκατάσταση του πακέτου σχεδιασμού και πρόβλεψης δομής πρωτεϊνών MODELLER και εφαρμογή του στην πρωτεϊνη Von Willebrand factor

Abstract

Για τις ανάγκες της εργασίας χρησιμοποιήθηκαν οι κρυσταλλογραφικά προσδιορισμένες δομές για τις Α1 και A3 υπομονάδες και ένα θεωρητικά υπολογισμένο μοντέλο για την υπομονάδα Α2, εφόσον η δομή της δεν έχει ακόμα προσδιοριστεί πειραματικά. Η διαμόρφωση των συνδετικών κομματιών μεταξύ των τριών παραπάνω υπομονάδων δεν έχει προσδιοριστεί πειραματικά. Στόχος αυτής της εργασίας ήταν η πρόβλεψη της δομής αυτών των τμημάτων. Μετά την επίτευξη του παραπάνω βήματος, έγινε η σύνδεση των επιμέρους τμημάτων και, τέλος, εξισορροπήθηκε το τμήμα Α1-Α2-Α3. Σαν αποτέλεσμα προέκυψε ένα μοντέλο- χίμαιρα, το οποίο περιέχει τόσο πειραματικά όσο και θεωρητικά προσδιορισμένα τμήματα. Το συγκεκριμένο μοντέλο μπορεί να χρησιμοποιηθεί για την κατανόηση του τρόπου με τον οποίο αλληλεπιδρά ο vWF με παράγοντες όπως η ηπαρίνη, ο gplb, το κολλαγόνο και ιδίως με την πρωτεάση ADAMTS13.