Ανίχνευση και χαρακτηρισμός ECHO ιών μέσω αλληλούχισης των γενωμικών περιοχών VP1, VP2, VP3 και VP4

Abstract

Το περιβάλλον παίζει σημαντικό ρόλο στην κυκλοφορία των εντερικών ιών. Ένας μεγάλος αριθμός ιών που εγκλείονται στα κόπρανα μπορούν να ανιχνευτούν σε υδάτινες μάζες τέτοιοι είναι οι νοροϊοί , οι ρεοϊοί , οι αδενοϊοί . οι ροταϊοί και οι εντεροϊοί. Τα επεξεργασμένα αστικά λύματα με την απόρριψη τους τόσο σε ποτάμια και λίμνες όσο και στη θάλασσα και η χρησιμοποίηση τους σε άρδευση και λίπανση, όταν δεν έχει γίνει σωστά η επεξεργασία τους, μπορούν να αποτελέσουν κίνδυνο για τη δημόσια υγεία με τη διασπορά τους στο περιβάλλον και την είσοδο στην τροφική αλυσίδα. Έτσι είναι σπουδαίο να ελέγχουμε περιβαλλοντικά δείγματα γιατί αυτά μπορούν να μας δείξουν το μέγεθος και τη διάρκεια της κυκλοφορίας των εντεροϊών μέσα σε ένα συγκεκριμένο πληθυσμό.Το γένος των εντεροϊών είναι το πιο σημαντικό της οικογένειας των Picomaviridae, ως προς την παθογένεια των μελών του στον άνθρωπο. Αποτελείται από τουλάχιστον 65 οροτύπους οι οποίοι ταξινομούνται σε πέντε υποομάδες. Το καψίδιο των εντεροϊών δεν περιβάλλεται από λιπιδικό έλυτρο και εσωκλείει ένα μόριο RNA θετικής πολικότητας. Στο 5'άκρο του γονιδιώματος είναι προσδεδεμένη η VPg πρωτεΐνη. Το γένωμα των εντεροϊών περιλαμβάνει τρεις κύριες περιοχές: την 5' μη κωδική περιοχή (5 untranslated region-5 UTR), το ανοιχτό πλαίσιο ανάγνωσης (open reading frame-ORF) και την 3'μη κωδική περιοχή (3 untranslated region-3 'UTR). Η κωδική περιοχή του RNA (ORF) μεταφράζεται σε μια πολυπρωτεΐνη, η οποία περιέχει πληροφορίες για τις τέσσερις δομικές (VP1-VP4) και τις εφτά λειτουργικές (2A-2C και 3 A-3D) πρωτεΐνες του ιού. Η ανάπτυξη της τεχνικής της Αντίστροφης Μεταγραφής-Αλυσιδωτής Αντίδρασης Πολυμεράσης (RT-PCR) παρέχει ένα άμεσο και ευαίσθητο μέσο για την ανίχνευση γενετικού υλικού των εντεροϊών και χρησιμοποιείται επιτυχώς για να ανιχνεύσει ακόμη και αυτούς τους οροτύπους που δεν μπορούν να αναπτυχθούν σε κυτταρικές σειρές, όπως επίσης και για τα μη ταυτοποιήσιμα με τις συμβατικές μεθόδους στελέχη. Ο σκοπός της παρούσας μελέτης ήταν η ανίχνευση και ο χαρακτηρισμός εντεροϊών από περιβαλλοντικά δείγματα Στη συνέχεια πραγματοποιήθηκε αλληλούχηση της καψιδιακής περιοχής και η επεξεργασία των αλληλουχιών με προγράμματα βιοπληροφορικής (BLAST, MEGA, SimPlot) για τη νουκλεοτιδική και φυλογενετική μελέτη της προαναφερθείσας περιοχής, με στόχο την διερεύνηση πιθανών ανασυδυασμών και την επιδημιολογική μελέτη αυτών των στελεχών