Η επίδραση των μη συμβατικών μεθυλιώσεων και της διαγραφής συμβατικών ψευδοουριδινών του rRNA στην ακρίβεια αποκωδικοποίησης του mRNA

Abstract

Κατά τη διάρκεια της παρούσας εργασίας μελετήθηκε τόσο η επίδραση των μη συμβατικών μεθυλιώσεων του rRNA στην ακρίβεια αποκωδικοποίησης του mRNA όσο και η επίδραση της διαγραφής των συμβατικών ψευδοουριδινών με στόχο τον έλεγχο στην ακρίβεια αποκωδικοποίησης του mRNA στο μύκητα Saccharomyces cerevisiae. Η ακρίβεια της μεταγραφής μετρήθηκε βάσει του επιπέδου στο οποίο το ριβόσωμα μεταβάλλει το πλαίσιο ανάγνωσης και δεν αναγνωρίζει το σήμα τερματισμού που τα κωδικόνια λήξης συνθέτουν στο μεταφραζόμενο mRNA. Για αυτόν τον λόγο χρησιμοποιήθηκαν 2 τύποι πλασμιδίων, η οικογένεια πλασμιδίων pBL (φορείς μεθυλιώσεων) και η οικογένεια πλασμιδίων pAC (πλασμίδια αναφοράς). Έτσι, με την βοήθεια των παραπάνω οικογενειών πλασμιδίων, ερευνήθηκε η ακρίβεια αποκωδικοποίησης του mRNA υπό τις προηγούμενες συνθήκες. Για τις μεθυλιώσεις, τα αποτελέσματα δείχνουν ότι πιθανόν οι μεταβολές οι οποίες παρατηρούνται για τα κατάλοιπα U2950 και Α2816, είτε μειώνουν το ρυθμό σχηματισμού του πεπτιδικού δεσμού είτε επιδρούν στην τοποθέτηση μη νοηματικών αμινοακυλιωμένων tRNA έναντι κωδικονίων. Ακόμη, πιθανολογείται πως οι μεθυλιώσεις των καταλοίπων Α2967 και U1257 μειώνουν την ικανότητα των eRFl και eRF3 να αναγνωρίζουν το UGA ως σήμα λήξης. Τέλος, η μεθυλίωση του καταλοίπου C2817 αυξάνει την ικανότητα των eRFl και eRF3 να αναγνωρίζουν το UAA ως σήμα λήξης. Όσον αφορά τη διαγραφή των snRs (συνεπώς και των ψευδοουριδινών), για τα snR42, snR34, snR37 και snR46 πιστεύεται ότι είτε μειώνουν το ρυθμό σχηματισμού του πεπτιδικού δεσμού είτε επιδρούν στην τοποθέτηση μη νοηματικών αμινοακυλιωμένων tRNA έναντι κωδικονίων. Ολοκληρώνοντας, η ταυτόχρονη διαγραφή των παραπάνω snRs μαζί με το snRIO δείχνουν πως οι προηγούμενες διαγραφές, οι οποίες δεν επηρέαζαν τους ρυθμούς ανάπτυξης, αποτύγχαναν στην σωστή μετάφραση μόνο όσο οι απαιτήσεις του κυττάρου για αυξημένους ρυθμούς μετάφρασης ήταν υψηλές, ενώ όταν έπεσαν οι ρυθμοί λόγω της διαγραφής του snRIO, άρα και οι απαιτήσεις, έπαψε να υπάρχει στατιστικά σημαντική διαφορά.