Αποδιάταξη του παράγοντα αιμόστασης von Willebrand σε ουρία συγκέντρωσης 8 Μ με προσομοιώσεις μοριακής δυναμικής

Abstract

Η ρύθμιση του μεγέθους του πολυμερούς vWF γίνεται εν μέρει μέσω της πρωτεόλυσης της επικράτειας Α2 από την πρωτεάση ADAMTS13, η οποία διασπά τον δεσμό μεταξύ της τυροσίνης 1605 και της μεθειονίνης 1606. Η πρόσβαση της ADAMTS13 στην θέση κοπής εξασφαλίζεται από την μερική αποδιάταξη της Α2 υπό την επίδραση μηχανικών τάσεων λόγω της ροής του αίματος. Τόσο η Α1 όσο και η A3 εμφανίζουν εξαιρετική σταθερότητα απέναντι στις προαναφερθείσες τάσεις. Με σκοπό την σύγκριση της σταθερότητας των A1 και Α2 χρησιμοποιήσαμε προσομοιώσεις μοριακής δυναμικής για να μελετήσουμε την αποδιάταξη των επικρατειών A1 και Α2 του vWF σε περιβάλλον ουρίας 8Μ και θερμοκρασία 500Κ. Για τις ανάγκες της εργασίας χρησιμοποιήθηκαν οι κρυσταλλογραφικά προσδιορισμένες δομές για τις A1 (1 AUQ.pdb)[37] και Α2 (3GXB_A2.pdb)[38], τα pdb των οποίων παρατίθενται στο παράρτημα. Οι δομικές μεταβολές των δύο επικρατειών με την πάροδο του χρόνου προσομοίωσης ποσοτικοποιήθηκαν με την βοήθεια των παραμέτρων όπως το RMSD, το ποσοστό δευτεροταγούς δομής, το πλήθος των υδρογονικών δεσμών και των native contacts (αριθμός τοπικών επαφών). Τα αποτελέσματα των προσομοιώσεων έδειξαν ότι η επικράτεια Α2 χάνει σε συντομότερο χρονικό διάστημα τα δομικά της χαρακτηριστικά απ ό,τι η Α1. Η σχετική σταθερότητα της A1 οφείλεται πιθανότατα στην παρουσία του δισουλφιδικού δεσμού μεταξύ της cys 509 και της cys 695.